Фамилия Манушков — один из тех случаев, когда за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Чаще всего её связывают с именем или прозвищем Манушка. Если это имя, то, скорее всего, оно произошло от полного Иммануил — древнееврейского имени, означающего «с нами Бог». Такие сокращения в быту были делом обычным: длинное и торжественное имя превращалось в домашнее, а затем и в фамилию. По этой версии, основатель рода Манушковых был человеком простого сословия — в крестьянской и мещанской среде полные имена уступали место обиходным формам.

Но есть и другая версия, не менее правдоподобная. Прозвище Манушка могли дать не от имени, а от глагола «манить» — в старом языке это означало «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», а ещё «ждать, дожидаться» или «мешкать, медлить». То есть Манушкой могли прозвать человека с определённым складом характера — неторопливого, задумчивого, или, напротив, хитрого и умеющего завлекать. Но самое конкретное объяснение — профессиональное: так могли называть охотника, который подманивал зверя. В промысловой среде такое прозвище было бы и точным, и понятным.

Фамилия образована по стандартной русской модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Манушков, то есть сын или потомок Манушки). Встречается она преимущественно в южнорусских и центральных регионах, что типично для фамилий, возникших из прозвищ в крестьянской среде. Интересно, что однокоренные фамилии — Манушин, Манушкин — могут иметь то же происхождение, но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных местностях.