Фамилия Манушина образована от личного имени или прозвища Мануша. Вопрос в том, что именно стояло за этим словом: имя, данное при крещении, или бытовое прозвище, возникшее из живого языка.

Наиболее вероятная версия — Мануша как производная, уменьшительная форма от полного церковного имени Иммануил. Иммануил — имя древнееврейского происхождения, его значение «с нами Бог». На русской почве длинное имя сокращали до более коротких и привычных форм: Мануил, Мануша. Такие сокращения были характерны для простонародной среды: в крестьянских и мещанских семьях полное имя в быту почти не использовали, отсюда и пошли Мануши, а затем и Манушины. Основатель рода, скорее всего, был человеком из простого сословия — крестьянином, ремесленником или посадским.

Есть и другая версия, связывающая прозвище Мануша с глаголом «манить». В русских говорах «манить» означало не только «звать лестью или посулами», но и «дразнить, обманывать», а также «медлить, мешкать» и даже «ждать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть охотником, который подманивал зверя голосом или манком. Либо, что тоже вероятно, его так прозвали за неторопливость или привычку обнадеживать обещаниями, но не спешить с их исполнением.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Манушины — это дети, потомки Мануши. Такая модель (основа на -а, -я + -ин) типична для русского севера и центральных областей.

Сравните с однокоренными фамилиями Мануйлов, Мануилов, Манулин — все они восходят к тому же имени Иммануил, но через разные уменьшительные формы. Манушина стоит в этом ряду особняком: суффикс -уш- встречается реже, чем -ул- или -ил-, что делает фамилию более редкой и локальной.