Фамилия Манушин — один из примеров того, как просторечная форма церковного имени дала начало целому роду. В основе лежит имя Мануша, а оно, скорее всего, восходит к полной форме Иммануил. В переводе с древнееврейского это имя означает «с нами Бог». Такое уменьшительное образование — Мануша вместо Иммануил — типично для простонародной среды: длинные и торжественные имена в быту часто сокращали до двух-трёх слогов. Поэтому можно с уверенностью сказать, что основатель рода Манушиных был человеком простого сословия, скорее всего крестьянином или ремесленником.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Манушин, то есть сын или потомок Мануши. Такая модель была самой распространённой в центральных и северных губерниях России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Есть и вторая версия происхождения. Мануша могло быть не уменьшительным от Иммануила, а самостоятельным прозвищем от глагола «манить» — то есть звать, дразнить, обманывать посулами или, наоборот, медлить, мешкать. В этом случае прозвище мог получить охотник, который подманивал зверя голосом или манком. Такое занятие требовало терпения и сноровки, и навык мог закрепиться за человеком в качестве уличного прозвания.

Обе версии имеют право на существование, но первая — от имени Иммануил — выглядит более убедительной. Прозвища от глагола «манить» встречаются реже, а вот сокращение библейских имён до Мануши — явление известное в русской ономастике. Сравните с фамилиями Мануйлов, Манухин, Мануков — все они восходят к тому же корню.

Точное место и время возникновения фамилии Манушин установить сложно. Процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и в разных регионах он завершился в разное время. Однако ясно одно: фамилия эта — живой след народной языковой традиции, где длинное и торжественное имя превратилось в короткое, удобное для повседневного обихода.