Фамилия Манушкин образована от личного имени или прозвища Манушка. Чаще всего Манушку выводят из уменьшительной формы библейского имени Иммануил — «с нами Бог». В таком случае прозвище могло закрепиться в крестьянской или посадской среде, где полные имена часто заменяли короткими домашними формами.

У этой версии есть слабое место: имя Иммануил в русском быту встречалось редко, чаще у греческого или западнорусского духовенства. Поэтому правдоподобнее выглядит вторая гипотеза — от глагола «манить». Манушкой могли прозвать человека, который зазывал, приманивал — не обязательно обманом. В охотничьем деле «манить» означало подражать голосу зверя или птицы, чтобы выманить добычу. Так Манушка мог стать прозвищем охотника-вабильщика.

Суффикс -к- в основе Манушка указывает на ласкательное или просторечное образование, а фамильный суффикс -ин — на принадлежность: «сын Манушки». Такая модель типична для северных и центральных областей России. Фамилия Манушкин встречается редко, но не единично — её можно встретить в старых записях по Тверской, Ярославской и Костромской губерниям, где охотничьи промыслы были развиты.

Спор между «именной» и «прозвищной» версиями не решается однозначно. Первая опирается на церковную традицию, вторая — на живую речь. Поскольку в документах XVII–XVIII веков форма Манушка чаще фиксируется в светских, а не церковных записях, вероятнее, что в основе лежит прозвище от «манить».