Фамилия Манушкова — один из тех случаев, когда за женским окончанием скрывается мужская основа, а за ней — почти забытое личное имя или прозвище. В русской традиции фамилии на -ов/-ев и -ин образуются от отчества или прозвища отца. Значит, в основе фамилии лежит мужская форма — Манушков. А она, в свою очередь, произошла от имени или прозвища Манушко.

Что такое «Манушко»? Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от канонического христианского имени Мануил (древнееврейское Иммануил — «с нами Бог»). В народной речи имя Мануил часто сокращали до Мануша, Манюша, Маня. Суффикс -к- (Манушко) — типичный для русских обиходных форм, таких как Ванька, Петька, Сенька. Таким образом, Манушков буквально означает «сын Манушки» или «потомок Манушки».

Есть и вторая, менее распространённая версия. В южнорусских и украинских говорах слово «мануш» могло означать «маленький, младший» или же относиться к ласковому обращению к ребёнку. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище младшего в семье, которое потом закрепилось за его детьми. Но версия с именем Мануил выглядит надёжнее, поскольку имя было широко распространено в крестьянской и мещанской среде.

Фамилия Манушков (и её женская форма Манушкова) — довольно редкая. Географически она тяготеет к центральным и южным областям России, а также встречается у русских старообрядцев, у которых имя Мануил было в ходу чаще, чем у остального населения. Встречаются и однокоренные фамилии: Мануйлов, Манухин, Манушкин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами.

В святцах имя Мануил встречается нечасто, но память о нём сохранилась в фамилиях. Носительница фамилии Манушкова может считать, что её предок был назван в честь библейского имени, обещающего божественное присутствие, — пусть и в бытовом, деревенском варианте.