Фамилия Манушкина образована от имени или прозвища Манушка. В этой основе скрывается сразу несколько возможных значений, и чтобы понять, какое из них ближе к истине, стоит посмотреть на словообразовательную модель.

Манушка — это уменьшительно-ласкательная форма, а суффикс -ушк- в русских именах и прозвищах часто указывал на принадлежность к простонародной, бытовой среде. Такие формы были типичны для крестьянской и мещанской среды, где полное имя заменяли домашним, ласковым вариантом. Поэтому первая и самая вероятная версия: Манушка — производное от церковного имени Иммануил (в переводе с древнееврейского «с нами Бог»). От полного имени в быту остался усеченный корень Ман-, к которому добавили типичный для просторечия суффикс. По этой логике основатель рода Манушкиных был человеком из простого сословия, которого в кругу семьи называли Манушкой, а его дети и внуки записались по отцу — Манушкины.

Но есть и вторая версия, которая опирается не на имя, а на прозвище. В русских говорах слово «манить» имело несколько значений: «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», но также «ждать, дожидаться» или «мешкать, медлить». Прозвище Манушка могли дать человеку с характером — медлительному, нерасторопному, либо тому, кто любил завлекать обещаниями. Однако есть и более конкретный промысловый оттенок: охотника, который подманивает зверя, тоже могли прозвать Манушкой. В охотничьей среде такие прозвища были естественны, и тогда фамилия Манушкина указывает на род занятий предка.

Суффикс -ин в фамилии Манушкина — притяжательный, он отвечает на вопрос «чей?»: сын Манушки. Такая модель была самой распространенной в центральной и северной России. Интересно, что фамилия закрепилась именно в женской форме (Манушкина), хотя по правилам русской ономастики она могла бы звучать как Манушкин. Это говорит о том, что фиксация фамилии в документах могла идти через жену или вдову: например, «Манушкина жена» или «Манушкина вдова».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мануйлов, Манухин, Маньков — подтверждает, что все они восходят к одному корню Ман-, который в русской ономастике чаще всего связан с именем Иммануил, а не с глаголом «манить». Поэтому версия об имени-основе выглядит более правдоподобной, хотя прозвищный вариант полностью исключать нельзя — в каждом конкретном роду история могла сложиться по-своему.

География фамилии Манушкина не привязана к одной области: она встречается и в центральных губерниях, и на Урале, и в Поволжье. Это типичная «разошедшаяся» фамилия, которая не указывает на узкорегиональное происхождение.