Вероятно, Манушка — производная форма имени Иммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Очевидно, основатель рода Манушкиных был человеком из простого сословия. Согласно другой версии, в основе фамилии Манушкина лежит прозвище Манушка, которое образовано от слова «манить» - «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться», «мешкать, медлить». Так, основатель рода Манушкинаых мог быть охотником, подманивающим зверя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манушка, со временем получил фамилию Манушкина.