Фамилия Манушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Манушкин послужило церковное имя Иммануил. Вероятно, Манушка — производная форма имени Иммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Очевидно, основатель рода Манушкиных был человеком из простого сословия. Согласно другой версии, в основе фамилии Манушкин лежит прозвище Манушка, которое образовано от слова «манить» - «звать лестью, посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться», «мешкать, медлить». Так, основатель рода Манушкиных мог быть охотником, подманивающим зверя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манушка, со временем получил фамилию Манушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Манушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Манушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.