Фамилия Манушкин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неожиданный выбор корня. Сразу скажем: самый очевидный путь ведёт к церковному имени Иммануил. Оно пришло из древнееврейского со значением «с нами Бог», и в русской традиции давало множество уменьшительных форм. Манушка — одна из них, редкая и нестандартная. Если следовать этой версии, основатель рода получил фамилию по крестильному имени, что типично для простых сословий, где полное имя в быту заменяли домашними вариантами.

Но есть и другая версия, более живая и прозрачная по смыслу. Она отталкивается от прозвища Манушка, связанного с глаголом «манить». В русских говорах «манить» означало не только зазывать посулами или обманывать лестью, но и «ждать, медлить», а для охотников — подманивать зверя. Человек с таким прозвищем мог быть искусным охотником, умевшим свести дичь на голос, или же, напротив, неспешным, «манящим» человеком. Эта версия объясняет фамилию из бытового, а не церковного обихода, что тоже часто встречается среди крестьянских и мещанских родов.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манушкин буквально значит «сын Манушки» или «из семьи Манушки». Такая модель — одна из самых распространённых в русской антропонимии, наряду с -ов/-ев. О точном месте возникновения фамилии сейчас сказать трудно: процесс закрепления фамилий шёл веками, и Манушкины могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга. Тем не менее, сама фамилия — любопытный памятник народной словообразовательной логике, где редкое имя или меткое прозвище дало жизнь целому роду.