Фамилия Макушкин — одна из тех, где за простым и понятным словом скрывается несколько возможных историй. Самая очевидная версия — от прозвища или мирского имени Макушка. На Руси так могли назвать невысокого человека, того, кто был «верхушкой» в каком-то деле, или же просто ласково, по верхней части головы (макушке). Однако у этой фамилии есть и другой, более сложный путь.

Филологи связывают основу «Макуш-» с просторечными формами церковных имён. Это могло быть производное от имени Мокей (греч. «насмешник»), Максим (лат. «величайший») или Макар (греч. «блаженный, счастливый»). В народной среде эти имена часто сокращали и переделывали на свой лад, и форма Макушка — один из таких вариантов. Менее вероятно, но тоже возможно, что фамилия напрямую пошла от прозвища, без связи с крестильным именем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Макушкин, то есть сын или потомок человека по имени (или прозвищу) Макушка. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Географически фамилия встречается рассеянно по разным регионам, что говорит о её бытовом, а не сословном происхождении — её могли носить и крестьяне, и мещане.

Точное место и время возникновения фамилии Макушкин установить сложно: процесс формирования родовых имён растянулся на несколько столетий. Но в любом случае, независимо от того, лежит ли в её основе имя святого или бытовое прозвище, она остаётся живым свидетельством языковой игры и народной традиции переосмысления имён.