Фамилия Маркушкин — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия с суффиксом -ин, образованная от имени Маркушка. Но именно это имя — уменьшительная форма сразу от двух разных канонических имён: Марк и Маркелл. В быту их путали и сокращали одинаково, поэтому Маркушкой могли звать как сына Марка, так и сына Маркелла. Разобраться, какой из вариантов сработал в конкретной семье, уже невозможно — оба имени были распространены в крестьянской и мещанской среде.

Фамилия Маркушкин образована по продуктивной модели: имя (Маркушка) + притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Маркушки». В русском языке суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые шли к твёрдым и мягким согласным. Это одна из самых старых и массовых моделей, характерная для северных и центральных областей России. Если бы фамилия была образована от полной формы Марк, мы бы получили Марков; Маркушкин же указывает на то, что в семье предка звали именно уменьшительным именем — ласковым или обиходным.

Географически фамилия Маркушкин встречается не повсеместно. Основной ареал — северо-запад и центр Европейской России: Псковская, Новгородская, Тверская, Ярославская области, а также Вологодчина. В этих краях уменьшительные формы на -ушка были особенно живучи и в XIX веке. В южных и сибирских регионах фамилия редка. Интересно, что в некоторых переписях XVII века встречается написание Маркушкин с одной «ш» (Маркускин) — это могло быть следствием местного говора или ошибки писца, но со временем закрепился именно вариант с двойной «ш».

С точки зрения социального контекста, Маркушкины — почти поголовно крестьяне и посадские люди. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, что типично для фамилий, образованных от просторечных форм имён. Знатных Марков или Маркеллов могли называть по отчеству (Маркович, Маркеллович), а вот Маркушкин — фамилия, которая прямо говорит: предок был простым человеком, и его в быту звали не полным именем, а домашним, деревенским.

Если суммировать: фамилия Маркушкин происходит от уменьшительного имени Маркушка, которое могло относиться к Марку или Маркеллу. Суффикс -ин указывает на прямое родство («чей сын»). Фамилия исконно русская, крестьянская, с ареалом в северо-западных и центральных губерниях. Никакой экзотики или редких корней — зато чёткий срез народной ономастики, где живое имя побеждало церковный канон.