Фамилия Макушкина — женская форма фамилии Макушкин. Её основа — прозвище Макушка, которое в русских говорах имело два основных значения. Первое и самое очевидное — «верхняя часть чего-либо»: макушка головы, дерева, горы. Соответственно, прозвище могли дать либо очень высокому человеку, либо тому, кто жил на возвышенности, на холме или на горе. В этом случае прозвище описывало внешность или место жительства.

Менее распространённая версия связывает фамилию с народной формой крестильных имён. В просторечии Макушкой могли называть носителей имён Мокей (от греческого «насмешник»), Максим (от латинского «величайший») или Макар (от греческого «блаженный, счастливый»). По этой версии, предок Макушкиных происходил из крестьянской или рабочей среды, где такие сокращённые формы имён были обычны.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность «чей?» — сын или дочь Макушки. Это типичный для русских фамилий способ образования, распространённый в северных и центральных губерниях России.

С точки зрения ономастики, версия с прозвищем по внешнему признаку или месту жительства выглядит правдоподобнее. Прямое значение слова «макушка» — «верх, вершина» — легко и естественно превращалось в прозвище для рослого человека или горца. Искусственное сближение с именами Мокей, Максим или Макар требует дополнительных допущений: не во всех говорах эти имена сокращали до формы «Макушка», и такое сокращение не было повсеместным.

Фамилия Макушкин встречается в разных регионах России, но заметна её концентрация в Поволжье и центральных областях. Это косвенно подтверждает связь с прозвищем: в равнинной местности человека, живущего на заметном холме, могли выделить именно таким образом.

В итоге потомок человека по прозвищу Макушка со временем получил фамилию Макушкин, а его дочь или жена — Макушкина.