Фамилия Маркушкина — женская форма от Маркушкин, а та, в свою очередь, образована от имени Маркушка. Это не что иное, как уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Марк. В русском быту имя Марк и без того короткое, но народная традиция легко добавляла к нему суффиксы субъективной оценки: Маркуша, Маркушка. Суффикс -к- в данном случае не только уменьшает, но и закрепляет фамилию в разряде «русских» по модели на -ин. Фамилии на -ин традиционно образовывались от основ на -а, -я: Маркушка → Маркушкин.

В ономастике фамилия Маркушкин интересна тем, что она обошла стороной церковную форму имени. В официальных документах могли записать Марков или Маркин (от краткой формы Марко), но в народе предпочитали более «домашний», разговорный вариант. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был выходцем из духовного сословия или высших слоёв — там чаще фиксировали полное имя. Маркушка — прозвище или обиходное имя крестьянина, ремесленника или посадского человека.

Географически фамилия Маркушкин (и, соответственно, Маркушкина) встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях. Там суффикс -ушк- был особенно активен в образовании личных имён. Встречаются и однокоренные фамилии: Маркушин, Маркушев, Маркухин. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксальными вариантами, что говорит о разных диалектных привычках при образовании прозвищ.

Итог простой: если вы Маркушкина, ваш предок по мужской линии звался Маркушкой. Это не официальное церковное имя, а ласковое, бытовое — так могли называть в семье или в деревне человека по имени Марк. Фамилия не редкая, но и не массовая, и в ней нет ничего загадочного: она прямо говорит о личном имени основателя рода.