Фамилия Махнуша — редкая и сразу обращает на себя внимание суффиксом -уша. В русских фамилиях этот суффикс обычно указывает на прозвище или имя, образованное от глагола или прилагательного: Крикуша (от «кричать»), Говоруша (от «говорить»), Махнуша — от глагола «махнуть». Это могло быть прозвище человека, который делал резкие, размашистые движения, или того, кто любил махать рукой, например, в знак приветствия или прощания. Вторая, не менее вероятная версия — основа от украинского или южнорусского «махнути» (ударить, стукнуть). Тогда Махнуша — прозвище драчуна или человека с тяжёлой рукой.

Сама модель образования — типичная для восточнославянских фамилий, но не самая частая. Суффикс -уша встречается в основном в украинских и белорусских фамилиях, а также в южнорусских говорах. Это сразу даёт географическую привязку: скорее всего, предки носителя фамилии жили на территории современной Украины, в Беларуси или в южных областях России (Курская, Воронежская, Ростовская области). Фамилия не могла возникнуть в северных регионах, где такие прозвищные формы редки.

Фамилия Махнуша не документирована в дворянских родословных книгах и не встречается среди известных исторических личностей. Это крестьянская или казачья фамилия, которая закрепилась в одном-двух родах и не получила широкого распространения. Учитывая редкость, её носители, скорее всего, происходят из одного корня, а не из нескольких независимых очагов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Махнов, Махнёв, Махонин образованы от того же корня, но через другие суффиксы. Махнуша стоит особняком: она сохранила исходную прозвищную форму без переделки в притяжательное прилагательное (как Махнов). Это говорит о том, что фамилия могла быть записана в документах именно так, без «облагораживания» под стандартные -ов или -ин, что нередко случалось в сёлах, где писарь фиксировал прозвище как есть.