Фамилия Махнушко звучит характерно для западнорусских земель, и её происхождение, скорее всего, связано с украинской или белорусской традицией. Словообразовательная модель указывает на суффикс -ушк-, который в восточнославянских фамилиях выполняет две функции: уменьшительно-ласкательную (как в словах «головушка», «батюшка») и, реже, принадлежностную. В данном случае суффикс присоединён к основе Махн-, что даёт нам прозвище Махнушко — «маленький Махно» или «сын Махны».

Корень Махн- восходит к глаголу «махать» или к имени Махно. В народной речи «махнуть» означало не только взмахнуть рукой, но и сделать резкое движение, ударить, а в переносном смысле — «махнуть рукой», то есть перестать обращать внимание. Прозвище Махна могли дать человеку с резкими, размашистыми движениями, либо тому, кто часто отмахивался от дел, жил беспечно. Однако есть и вторая, более прозаичная версия: Махнушко может быть производным от канонического имени Максим (через его просторечную форму Махно), что типично для украинской ономастики, где имена часто усекали и снабжали ласкательными суффиксами.

Географически фамилия Махнушко тяготеет к левобережной Украине и югу Беларуси — регионам, где активно использовался суффикс -ушк- в прозвищах (ср. Иванушко, Петрушко). В России такая форма встречается редко, что сразу указывает на этнические корни предков. В сословном плане носители фамилии, скорее всего, относились к казачеству или крестьянам: прозвища с суффиксом -ушк- часто закреплялись как фамилии именно в среде простого люда, а не дворянства.

Споров вокруг этимологии немного: версия с глаголом «махать» правдоподобнее, так как она объясняет и прозвище, и его уменьшительную форму. Связь с именем Максим возможна, но менее убедительна: для образования фамилии от Максима чаще использовали суффикс -енко (Максименко) или -ук (Максюк), а Махнушко — более редкий и самостоятельный вариант.