Фамилия Махнушка — редкий пример, когда прозвище перешло в фамилию практически без изменений, с сохранившимся уменьшительно-ласкательным суффиксом. В русских фамилиях чаще встречаются формы на -ов/-ев, -ин или -ский, а окончание -а в именительном падеже у фамилий мужского рода — явление нетипичное, свойственное скорее украинской или белорусской традиции (как-то Мирный, Косой). Махнушка же звучит как застывшее прозвище, которое не стали переделывать под стандартные модели. Это сразу указывает на то, что фамилия либо очень поздняя, либо фиксировалась в среде, где не было строгой паспортной унификации — например, в казачьей или крестьянской среде на юге России или в Малороссии.

Основа фамилии — глагол «махать» или однокоренное «махнуть». В русских говорах «махнуть» означало не только взмахнуть рукой, но и «ударить», «хлестнуть», а в переносном смысле — «быстро уйти», «сбежать», «выпить одним глотком». Прозвище Махнушка мог получить человек порывистый, резкий в движениях, любитель «махнуть» лишнего (вина) или, напротив, тот, кто часто отлучался, «смахивал» с работы. В словаре В. Даля есть слово «махнушка» — так в некоторых областях называли большую ложку или поварешку, которой «махали» при варке. Возможно, прозвище дали повару или тому, кто работал с большими черпаками.

Версия о происхождении от имени Махно (уменьшительное от Матвей) менее вероятна. Имя Махно — это украинская форма от Матвей, но суффикс -ушка обычно образует прозвища от действий, а не от имён; имя Матвей дало бы скорее Махнуш (как Ванюш от Иван), а не Махнушка.

Географически фамилия встречается в единичных записях — в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных метрических книгах Махнушка не частый гость, что подтверждает её локальный характер. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище закрепилось за одним родом без изменений. Уникальность фамилии в том, что она сохранила живую разговорную форму, которую не «облагородили» суффиксом принадлежности, — и в этом её историческая ценность.