Фамилия Малушкова в своей основе имеет женское имя Малушка — уменьшительно-ласкательную форму от Малания, Мелания или Маланья. В народной речи эти имена часто редуцировались: ударный слог смещался, а звуки стягивались, давая такие варианты, как Малуша, Малушка. В древнерусских летописях известна Малуша — ключница княгини Ольги и мать князя Владимира Святославича, крестителя Руси. Хотя прямая связь с этой исторической фигурой маловероятна, имя было распространённым, и прозвище Малушка мог получить человек по имени матери или по какой-то внешней или бытовой примете, связанной с корнем «мал-» (маленький, младший).

Суффикс -к- в основе указывает на то, что фамилия образована не напрямую от мужского имени, а через женское прозвище или имя. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев, образованные от женских имён, встречаются реже, чем от мужских, и часто указывают на то, что предок был сыном или потомком женщины по имени Малушка (например, «чей? — Малушков»). Это может говорить о том, что в семье мать играла заметную роль или что прозвище закрепилось за вдовой или одинокой женщиной, чьи дети получили фамилию по ней.

Окончание -а в фамилии Малушкова — это форма женского рода, которая в современном русском языке закрепилась за женщинами. Мужской вариант — Малушков. Такая модель типична для русских фамилий, образованных с помощью суффикса -ов/-ев: если предка звали Малушко (разговорная форма от Малушка), то его потомки становились Малушковыми, а в быту фамилия склонялась по родам.

Географически фамилия Малушкова встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. Встречается она нечасто, что делает её довольно редкой. Среди однокоренных фамилий — Малушин, Малухин, Малушкин, но Малушкова выделяется именно суффиксом -к-, который указывает на конкретную уменьшительную форму имени.

Таким образом, предок носителя фамилии Малушков, скорее всего, был сыном или потомком женщины по имени Малушка, а сама фамилия уходит корнями в народные формы христианских имён, популярных в крестьянской и посадской среде. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам не сохранилось — это типичная «бытовая» фамилия, образованная от имени или прозвища.