Фамилия Малушков образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность к отцу. Основа — имя или прозвище Малушко. Суффикс -к- здесь уменьшительный, а окончание -о (Малушко) — типично для украинской и западнорусской антропонимии, где так оформляли ласкательные производные от личных имён. Следовательно, предок носителя фамилии был сыном человека по имени или прозвищу Малушко.

Самая прямая и распространённая версия: Малушко — это производное от имени Мала, Малой, Мал. В древнерусской традиции имя Мал было нередким и давалось, скорее всего, как охранительное: чтобы ребёнок не рос больным и слабым, его нарекали «малым», обманывая злые силы. В летописях известен, например, Мал — князь древлян, хотя связь с этой фамилией здесь, конечно, не прямая. Также основой могло послужить прозвище Малушко, данное невысокому или младшему по возрасту человеку. В украинских говорах «малушка» — это и ласковое обращение к ребёнку, и название небольшого предмета.

Менее вероятно, но стоит упомянуть, что в некоторых говорах «малушкой» называли невысокую женщину или девушку. В таком случае прозвище могло перейти к потомкам по материнской линии, но это редкий сценарий для фамилий на -ов, которые обычно отталкиваются от мужского имени.

Фамилия Малушков встречается в основном в южнорусских и украинских областях, что подтверждает её происхождение от формы с уменьшительным суффиксами, характерной для этих регионов. Родственные фамилии — Малушкин, Малухин, Малов, Малых — все они восходят к одному корню «мал-», но различаются суффиксальным оформлением. Если Малов — это прямая «сын Мала», то Малушков — более ласкательный и, возможно, более поздний вариант, закрепившийся в документах.