Фамилия Малюшкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Малюшков. Её ядро — прозвище или неканоническое имя Малюш. Это уменьшительно-ласкательное образование от более древнего имени Малюта, которое, в свою очередь, связано с корнем «мал-» и означает «маленький», «малыш». В русской ономастике такие имена давали младшему ребёнку в семье или человеку невысокого роста, а иногда и просто как ласковое обращение, которое со временем закреплялось.

Словообразовательная модель здесь стандартная для восточнославянских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей сын?»). Малюшков — буквально «сын Малюша». Женская форма Малюшкова появилась при передаче фамилии по женской линии или при замужестве. Интересно, что корень «Малюш-» встречается в говорах и как самостоятельное прозвище: в некоторых областях «малюшкой» называли самого младшего ребёнка в семье, «последыша». Это придаёт фамилии не только размерную, но и социально-бытовую окраску — предок мог быть именно таким, поздним и любимым ребёнком.

Фамилия встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южнорусским регионам, особенно к бывшим территориям Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерний. Там уменьшительные формы на -уш-/-юш- были особенно живучи в народной речи. В отличие от фамилий на -ин (Малюшкин), форма на -ов/ев чаще фиксировалась в документах и переписях, что может указывать на более крестьянское, а не боярское происхождение.

Спорных версий у фамилии практически нет: корень прозрачен, а варианты вроде связи с литовским «malus» (маленький) или тюркским «мал» (скот) — натяжки, не подтверждённые ни географией, ни исторической фонетикой. Единственное, что может сбить с толку, — это возможная путаница с фамилией Малюшков, образованной от имени Малюша как краткой формы от Малания или Маланья. Но в подавляющем большинстве случаев основа — всё же чисто русское прозвище от «малый».