Фамилия Малюшкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а/-я с помощью суффикса принадлежности -ин. Эта модель типична для восточнославянских фамилий и указывает на прямое родство: Малюшкин — «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Малюшка.

Само имя Малюшка — это ласкательная форма от прилагательного «маленький». В древнерусской традиции такие имена были мирскими, то есть нецерковными, и их давали внутри семьи, часто по внешнему признаку или порядку рождения. Малюшкой могли назвать самого младшего ребёнка, «малыша», или же человека невысокого, миниатюрного сложения. Вторая версия — прозвищная: она объясняет фамилию через внешность родоначальника, которого окружающие прозвали Малюшка за низкий рост.

Словообразовательная цепочка прозрачна: «малый» → «малюшка» (уменьшительно-ласкательное с суффиксом -юшк-) → «Малюшкин». Суффикс -юшк- в русских именах и прозвищах встречается реже, чем -ушк- или -ечк-, что придаёт фамилии некоторую редкую черту. Сравните с более частотными однокоренными фамилиями: Малышев, Малютин, Малюков — все они восходят к тому же корню «мал-», но через разные суффиксальные варианты.

Фамилия фиксируется в разных регионах России, но особенно характерна для центральных и северных областей, где были сильны традиции мирских имён. Среди носителей фамилии известен Александр Борисович Малюшкин — современный писатель и автор учебных пособий, что подтверждает её бытование в интеллектуальной среде. Никаких данных о дворянском происхождении фамилии нет — скорее всего, она возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища по росту и возрасту были особенно распространены.