Фамилия Малюшенко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей: с помощью суффикса -енко, который в буквальном смысле означал «маленький» или «сын». То есть Малюшенко — это «сын Малюши». В основе лежит либо мирское имя Малюша, либо прозвище Малюша, и в обоих случаях корень один — прилагательное «малый».

В старину на Руси и в украинских землях имя Малой или Малюша давали не от бедности фантазии, а по древней славянской традиции: имя-оберег. Считалось, что если назвать ребёнка Малым, он вырастет большим и сильным, а злые силы не позарятся на «мелкого» человека. Позже, когда Малюша взрослел и обзаводился детьми, те получали фамилию по отцу — Малюшенко.

Вторая версия, более приземлённая, — прозвище Малюша могли дать человеку невысокого роста. Такие прозвища-описания внешности были очень живучи: они не требовали объяснений и сразу давали окружающим представление о человеке. В этом случае фамилия Малюшенко означает «потомок низкорослого».

По географии фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины. В России она встречается реже, но в южных регионах, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, можно найти немало Малюшенко — следствие переселений рубежа XIX–XX веков.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень мал- (общеславянский, со значением «небольшой»), суффикс субъективной оценки -юш- (как в Малюта, Малюшка) и типичный украинский патронимический суффикс -енко. Аналогов среди однокоренных фамилий множество: Малютин, Малюков, Малюгин — но только Малюшенко и её варианты (Малющенко, Малёшенко) сохраняют суффикс -енко, сразу указывающий на украинское происхождение рода.