Фамилия Малюшин — типичный пример того, как личное имя или прозвище превратилось в наследственное родовое имя. В её основе лежит имя Малюша, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Мал. В древнерусской традиции «Мал» было не только именем (вспомним летописного князя древлян Мала), но и прозвищем, которое давали человеку невысокого роста или младшему в семье. Суффикс -уш- (Малюша) — ласкательный, уменьшительный, так что Малюшей могли называть и ребёнка, и взрослого, к которому относились с теплотой или снисхождением.

Фамилия образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе имени Малюша добавили суффикс принадлежности -ин. Таким образом, Малюшин буквально означает «сын Малюши» или «человек из рода Малюши». Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть указывающая на отца или главу семьи.

Интересно, что фамилия Малюшин встречается реже, чем её «старший брат» — Малышев или Малушин. Это говорит о том, что форма Малюша была менее распространена, чем, скажем, Малыш или Малуша. Вероятно, она бытовала в определённых говорах или в отдельных регионах. Географически фамилия чаще встречается в центральных областях России и в Поволжье, но без массового скопления в одном районе — это рассеянный, «одинокий» тип фамилии.

В ономастике есть версия, что Малюша могло быть не только уменьшительным от «Мал», но и краткой формой от женского имени Мария (Малюша — как Маруся или Манечка). В таком случае фамилия Малюшин могла означать «сын Малюши», где Малюша — мать. Однако для русской традиции патронимические фамилии по матери встречаются реже, и версия с мужским именем Мал выглядит более убедительной.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Малюшиными могли быть и крестьяне, и посадские люди, и мелкие служилые. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные записи о крестьянах Малюшиных в южных уездах России, но массового дворянского рода под этой фамилией не сложилось. Так что предки большинства современных носителей — скорее всего, обычные землепашцы или ремесленники, прозванные за невысокий рост или младшинство в семье.