Основой фамилии Малюшков послужило мирское имя Малюшко. Мирское имя Малюшко образовано от аналогичного нарицательного, которое восходит к прилагательному «малый». По традиции в древнерусских семьях ребенка часто называли просто Малец, Малой, Малява, Малюта, Малёк или другим именем, образованным от корня «мал-», которое указывало на размеры новорождённого. Однако не исключено, что в основе фамилии Малюшков лежит прозвище Малюшко, которое получил человек небольшого роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюшко, со временем получил фамилию Малюшков.