Фамилия Малюшков — это классический пример «отчества второго порядка», где суффикс -ов указывает на принадлежность: Малюшков буквально значит «сын Малюшка». В основе лежит каноническое мирское имя или прозвище Малюшко, которое, в свою очередь, образовано от прилагательного «малый» с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -юшк-. В древнерусских семьях ребёнка часто называли просто по внешнему признаку — Малец, Малой, Малюта или Малёк, и Малюшко стоит в этом же ряду: так могли назвать младшего сына или некрупного от рождения малыша.

Модель образования фамилии здесь стандартная для северных и центральных русских земель: имя на -ко (Малюшко) плюс фамильный суффикс -ов. Аналогичным образом появились Малюков, Малюгин, Малютин — все они восходят к тому же корню «мал-», но через разные уменьшительные формы. Интересно, что фамилия Малюшков встречается заметно реже, чем, скажем, Малюков или Малых: суффикс -юшк- в именах менее продуктивен, и это делает фамилию более редкой.

В говорах слово «малюшко» могло означать не только маленького человека, но и, например, последыша в семье — самого младшего ребёнка. Так что предок носителя фамилии с высокой вероятностью был либо невысок ростом, либо занимал положение «меньшого» в роду. Сословной привязки у фамилии нет: Малюшковы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовном сословии — фамилия образована от мирского, а не крестильного имени, поэтому она не указывает на знатное происхождение.