Фамилия Манюшко — яркий пример того, как по суффиксу можно определить не только происхождение, но и географию носителей. Формант -ко — характерный признак украинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на западе и в центре Украины, а также в южных регионах Беларуси. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые отвечают на вопрос «чей?», суффикс -ко в украинской традиции часто имеет уменьшительно-ласкательное или патронимическое значение, то есть указывает на «сына такого-то» или «маленького, младшего».

Основа фамилии — Манюш- — восходит к имени Манюша. Это народная, разговорная форма нескольких канонических имён. Чаще всего её связывают с именем Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»), которое в просторечии сокращалось до Маня, Манюша. Вторая, не менее вероятная версия — производное от женского имени Мария (Маня → Манюша). В старину фамилии могли образовываться и от женских имён, если мать играла ключевую роль в семье или была вдовой. Третий, более редкий вариант — от диалектного прозвища Манюк, Манюха, которое в некоторых говорах означало «мямля», «неповоротливый человек», но эта версия менее убедительна, так как суффикс -ш- (Манюш-ко) типичен именно для личных имён.

Таким образом, Манюшко — это «сын Манюши» или «потомок человека по имени Манюша». Фамилия образована по продуктивной для украинского ономастикона модели: основа усечённого имени + суффикс -ко. В документах Российской империи такие фамилии часто русифицировали, добавляя окончание -ов (Манюшков), но исходная форма Манюшко сохранилась у тех родов, которые оставались в среде украинского или белорусского крестьянства и казачества.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам, реже — к казакам или мещанам. Дворянских родов Манюшко в гербовниках не зафиксировано, что типично для фамилий на -ко, которые в массе своей возникли в среде свободного сельского населения. Однокоренные фамилии: Манюк, Манюков, Манюшин, Манюшкин.