Фамилия Мирзахакимов — одна из тех, что прямо говорит о происхождении своего первого носителя. Она состоит из двух частей: «мирза» и «хаким». Первая часть, «мирза», восходит к персидскому «мирза» (сокращение от «амирзаде» — «сын эмира») и в тюрко-персидском мире означала либо человека знатного рода, либо, позже, просто грамотного писца. Вторая часть — «Хаким» — арабское имя, которое переводится как «мудрый», «учёный», «правитель» или «врач». Вместе «Мирзахаким» означает «господин Хаким» или «знатный Хаким» — это составное имя, где «мирза» выступает как почтительная приставка к личному имени.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилии: «Мирзахакимов» — это «сын Мирзахакима» или «из рода Мирзахакимовых». Такие фамилии массово возникали у народов Средней Азии и Кавказа в XIX–XX веках, когда при интеграции в Российскую империю или СССР проводилась русификация имён. Поэтому Мирзахакимов — фамилия, характерная для татар, узбеков, таджиков, азербайджанцев и других тюркоязычных или персоязычных народов.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму имени-прозвища без сокращений. В отличие от более частых Мирзоевых или Хакимовых, Мирзахакимов — двойная конструкция, которая фиксирует не просто имя, а обращение к конкретному человеку. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми уважаемыми: либо религиозными деятелями, либо грамотными чиновниками, либо врачами — в любом случае, теми, кого окружающие называли с почтением. Географически фамилия чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане и среди татарской диаспоры в России.

Спорных версий здесь немного: основа прозрачна, и попытки связать «мирзу» с арабским «амир» (эмир) или «хакима» с тюркским «акым» (течение) — искусственны. Правдоподобнее всего персидско-арабское происхождение с устоявшейся моделью именования.