Фамилия Мищарина — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно в первую очередь разобрать суффикс: -ин. В русской модели фамилий этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Мищарин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Мищара. Женская форма Мищарина, соответственно, образовалась от мужской фамилии Мищарин, а не наоборот.

Самый прямой путь — от имени или прозвища Мищара. В основе может лежать диалектное слово «мищара» — так в некоторых говорах называли человека маленького роста, щуплого или невзрачного. Сравните с диалектным «мизюра» (тот же смысл) или «мизерный». То есть Мищара — это прозвище по внешнему признаку, которое затем закрепилось как фамильное имя.

Вторая версия — этническая. Слово «мищари» (или «мещёра») исторически обозначало одно из финно-угорских племён, живших по Оке. Позже так называли особую группу татар — мишарей. Если предок происходил из этой среды или имел характерные черты, его могли прозвать Мищарой. Фамилии такого типа (Русин, Немчинов, Татаринов) — обычное явление, и Мищарин вписывается в этот ряд.

Иногда фамилию пытаются связать с рекой Мищарой (приток Оки) или с населёнными пунктами вроде Мищерово, но это менее вероятно: топонимические фамилии чаще оформляются суффиксом -ский (Мищерский), а не -ин.

Таким образом, у фамилии два равноправных объяснения: либо прозвище по внешности («малорослый»), либо указание на этническую принадлежность к мишарям. Выбор зависит от конкретной семейной истории и региона. Что точно — фамилия не из самых распространённых, и её носители, скорее всего, сосредоточены в центральной России и Поволжье.