Фамилия Мишекин образована от имени или прозвища Мишека — так в народе могли называть человека по имени Михаил. В русской ономастике это типичная модель: основа на -а, -я плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мишекин, то есть сын или потомок Мишеки. Имя Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог») в бытовой речи давало множество производных: Миша, Мишка, Мишаня, Мишута, и Мишека — одна из менее частых, но живых форм, особенно в северных и центральных говорах.

Интересно, что в отличие от массовой фамилии Мишин (от Миша), Мишекин встречается реже. Это может говорить о том, что прозвище Мишека имело локальное хождение или закрепилось в конкретной местности. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского и других словарях упоминаний о Мишеке нет, что подтверждает: фамилия не из древних боярских родов, а из поздней крестьянской или мещанской среды, где фамилии складывались в XVII–XIX веках.

Менее правдоподобна версия о связи со словом «мишка» в значении «медведь»: прозвище Медведь часто давали за силу или неуклюжесть, но форма Мишека для такого прозвища нехарактерна. Вероятнее всего, перед нами именно уменьшительное от Михаил.

Географически фамилия Мишекин встречается в основном в центральной России и Поволжье, единичные случаи — на Урале. Это подтверждает бытовую, а не служилую природу фамилии: она не распространилась через дворянские роды, а осталась в крестьянской среде, где передавалась по деревням от отца к сыну.