Фамилия Мишечкин образована напрямую от имени Мишечка — уменьшительно-ласкательной формы крестильного имени Михаил. В русском языке суффикс -ечк- придаёт имени оттенок нежности и принадлежности к младшему или любимому члену семьи, поэтому Мишечка — это «маленький Михаил» или «Миша, которого ласкают». По модели образования это типичная «посессивная» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность кому-то, то есть Мишечкин буквально означает «сын Мишечки» или «человек из рода Мишечки».

Интересно, что форма Мишечка не так частотна, как более привычные Миша или Мишутка. Она могла бытовать в определённых говорах — например, в южнорусских или в среде, где сохранялась старая традиция называть детей полными уменьшительными формами с суффиксом -ечк- (ср. Ванечка, Петенька). Это делает фамилию Мишечкин менее распространённой, чем Мишин или Мишаков, но при этом более конкретной по происхождению: она не отвлечённая, а чётко привязана к конкретному семейному прозвищу.

Версия о том, что основа могла быть связана с прозвищем Мишечка от слова «мишка» (медведь), маловероятна: в русских фамилиях медвежий корень обычно передаётся через Мишкин или Медведев, а суффикс -ечк- для зооморфных прозвищ нехарактерен. Есть также гипотеза, что Мишечка могло быть формой от неканонического имени Мишата (ср. Мишатин), но это уже натяжка: такие варианты фиксируются реже и в основном в северных областях.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Мишечкина встречается преимущественно в центральных губерниях — Тульской, Рязанской, Тамбовской. Носители её в основном были крестьянами или мещанами, а не дворянами: суффикс -ин в фамилиях низших сословий встречается чаще, чем -ов. Таким образом, предок современного Мишечкина — скорее всего, крестьянин из чернозёмной полосы, которого в семье звали ласково Мишечкой, и это прозвище закрепилось за его потомками как официальная фамилия.