Фамилия Мышечкина — женская форма фамилии Мышечкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мышечкин означало «сын Мышечки» или «человек из рода Мышечки». Основа здесь — не прямое прозвище «мышь», а уменьшительно-ласкательное «мышечка». В русских говорах «мышечка» могла быть не только маленьким грызуном, но и прозвищем для юркого, невысокого человека или ребёнка. Встречалось и другое значение: в некоторых регионах «мышечкой» называли деталь ткацкого станка или часть упряжи — тогда прозвище могло пристать к ремесленнику.

Самая правдоподобная версия — что Мышечка было домашним или уличным прозвищем. Такие имена в XV–XVII веках давали без злого умысла: по внешности, повадкам или любимому занятию. Человек Мышечка мог быть тихим, проворным или просто невысоким — и это закрепилось в фамилии. Редкий случай, когда корень «мыш-» не отсылает к охотнику на мышей или к мышеловке, а именно к ласкательному варианту.

В документах фамилия Мышечкин встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Она могла возникнуть в центральных или северных губерниях, где суффикс -ин был продуктивнее, чем -ов. В отличие от распространённых Мышкиных, Мышечкины — более редкий вариант, с тем же корнем, но иной эмоциональной окраской: не «мышь», а «мышечка», то есть что-то маленькое и, возможно, даже симпатичное.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане. В XIX веке Мышечкины встречаются в переписях Вятской и Тверской губерний, но массового распространения фамилия не получила. Сегодня её носительница — человек, чьи предки носили прозвище Мышечка, и это единственное, что можно сказать с уверенностью без привлечения генеалогических изысканий.