Фамилия Мишип — редкая и неочевидная для русского уха. На первый взгляд она кажется иноязычной, но её происхождение, скорее всего, связано с обычной моделью русских фамилий на -ов, которая претерпела искажение.

Основу фамилии составляет имя Миша — уменьшительная форма от Михаил. В русской традиции фамилии на -ов образуются от полных или кратких форм имени: Мишин, Мишков, Мишаев. Но в случае с Мишип, скорее всего, произошла замена суффикса. Исходная форма могла быть Мишков или Мишев. В результате диалектного произношения или ошибки писаря конечное -ов превратилось в -оп. В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, безударное «о» после твёрдого согласного звучало как нечто среднее между «о» и «а», а при записи «на слух» писарь мог зафиксировать нестандартный вариант. Второе объяснение — влияние тюркских языков, где суффикс -ип встречается чаще, но в этом случае основа должна была бы быть иной, нежели «Миш».

Если принять версию искажения, то предок носителя фамилии Мишип был либо сыном человека по имени Миша (Михаил), либо носителем прозвища Мишок, Мишко. В пользу русского происхождения говорит и то, что фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, а не в Поволжье или на Кавказе, где тюркское влияние сильнее. Единичные случаи фиксации фамилии Мишип в переписях XIX века подтверждают её редкость — она не попала в массовые списки, а осталась локальным, почти единичным вариантом. Это означает, что перед нами не «книжная», а живая, бытовая фамилия, возникшая в конкретной местности.