Фамилия Мишкутенок — редкий пример восточнославянской фамилии, образованной по белорусской модели с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ёнок (в русской передаче часто -енок). Этот суффикс в белорусском языке, как и в украинском, указывал на «маленького», «младшего» или «сына»: Мишкутенок буквально значило «маленький Мишкут» или «сын Мишкута».

В основе лежит прозвище Мишкут. Это, в свою очередь, производная форма от канонического имени Михаил (др.-евр. «кто как Бог»). В белорусском и украинском языках имя Михаил дало целый ряд обиходных форм: Мишко, Мишкут, Мишкевич. Суффикс -ут (как в именах Данут, Янут) придавал оттенок фамильярности или принадлежности к младшему поколению в семье. Таким образом, Мишкутенок — это «внук» или «сын» того, кого в быту звали Мишкутом.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Беларуси и прилегающим районам России (Витебская, Могилёвская, Смоленская области). Именно в этих регионах модель на -ёнок была особенно продуктивной для фамилий крестьянского сословия, в то время как в центральной России и на юге чаще использовали суффиксы -ов/-ев. Написание «Мишкутенок» (через «е») — результат адаптации белорусского -ёнак к русской орфографической норме, в документах советского периода фамилию могли записать и как Мишкутёнок.

Интересная деталь: фамилия Мишкутенок стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Мишкевич, Мишков, Мишутин, но отличается от них именно «детским» суффиксом. В белорусской деревне XIX века человека с такой фамилией, скорее всего, воспринимали как потомка конкретного Михаила, прозванного Мишкутом, — возможно, низкорослого или младшего в роду. Фамилия не ушла в дворянство или купечество, а осталась в крестьянской среде, что подтверждается её отсутствием в дореволюционных родословных книгах.