Мишкута — это украинская разговорная форма крестильного мужского личного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Со временем, вероятно, род Мишкутенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Также возможно, что в основе фамилии Мишкутенков лежит прозвище Мишкута, образованное от украинского глагола «мишкати» - «следить за кем-нибудь или за чем-нибудь». Исходя из этого, Мишкутой могли прозвать человека в силу его профессии, например, сторожа. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишкута, со временем получил фамилию Мишкутенков.