Фамилия Мишочкина — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. Она образована не напрямую от имени Миша (уменьшительного от Михаил), а от производной формы Мишочка. Это ласкательный вариант, который в русской народной традиции использовали не только для ребёнка, но и для взрослого — в кругу семьи или в шутку. Суффикс -очк- придаёт слову оттенок нежности, а -ин- в конце фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Мишочкин, то есть сын или дочь человека по прозвищу Мишочка.

По способу образования это типичная «семейная» фамилия, каких много в северных и центральных губерниях России. Суффикс -ин, а не -ов, подсказывает, что прозвище оканчивалось на -а или -я. В данном случае — на -а. Это женская форма, но в XIX веке фамилии с таким окончанием фиксировали и за мужчинами: в метрических книгах можно встретить крестьянина Мишочкина, хотя звучит это сегодня как женский вариант. Путаница возникла из-за того, что в официальных документах часто записывали фамилию по главе семьи, а суффикс -ин не менялся при смене пола.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «мишочка» — так в некоторых говорах называли мешочек, сумку или котомку. Тогда Мишочкиным могли прозвать торговца, нищего или человека, который постоянно носил с собой мешок. Но эта гипотеза слабая: в русской ономастике прозвища от названий мелкой тары встречаются редко, а форма с -очк- для них нетипична. Гораздо логичнее видеть здесь уменьшительное от имени Михаил — тем более что фамилии Мишин, Мишаев, Мишков распространены повсеместно, а Мишочкин стоит в том же ряду, только с более редким суффиксом.

Фамилия почти не встречается за пределами России. По данным современных телефонных справочников, основные носители сосредоточены в Московской, Тверской и Нижегородской областях. В дореволюционных источниках Мишочкины — преимущественно крестьяне и мещане, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Так что предки нынешних Мишочкиных с большой вероятностью жили в деревне, а своё прозвище получили от домашнего имени — скорее всего, от деда или отца, которого в семье ласково звали Мишочкой.