Фамилия Мешочкина — женская форма фамилии Мешочкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или ремеслом. В основе лежит слово «мешок», а суффикс «-к-» в исходном прозвище «Мешочек» указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму. В русской ономастике фамилии на «-кин» традиционно образовывались от прозвищ, оканчивающихся на «-ка» или «-ко»: Мешочка → Мешочкин. То есть предок носителя фамилии мог зваться Мешочком — либо из-за внешности (мешковатый, полный человек), либо по профессии.

Самая вероятная версия — профессиональная. Мешочниками в старину называли торговцев, которые разносили товары в мешках, или ремесленников, шивших мешки и кули. В центральных и южных губерниях России слово «мешочник» также означало мелкого перекупщика, скупавшего зерно или муку и торговавшего ими на базарах. Таким образом, основатель рода Мешочкиных мог быть небогатым торговцем или кустарём, работавшим с мешковиной.

Менее распространённая, но возможная версия — прозвище по характеру или поведению. «Мешком» в народе называли неповоротливого, медлительного человека. Если прозвище «Мешочек» закрепилось за конкретным человеком, то оно могло передать потомкам именно эту черту.

Географически фамилия Мешочкин встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще фиксируется в документах XIX века по Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниям — регионах, где активно развивалась торговля и кустарное производство тары. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ев», модель с суффиксом «-ин» (Мешочкин) указывает на более короткую историю: она закрепилась в крестьянской и мещанской среде позже, в XVIII–XIX веках, когда прозвища переходили в наследственные фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мешков, Мешковский — показывает, что Мешочкин стоит ближе к бытовому, неофициальному прозвищу. Если Мешков мог получить и дворянин (по владению землёй, «мешок» как мера), то Мешочкин — почти наверняка фамилия человека из низших сословий, чей труд или облик дал повод для прозвища.