Фамилия Митниковский — редкая и сложная по составу. Она образована с помощью патронимического суффикса -ский, который указывает на принадлежность к роду или местности. Основа фамилии — Митник, что, в свою очередь, является производной формой от имени или прозвища.

Скорее всего, в основе лежит имя Митя — сокращение от Дмитрий. Тогда Митник — это человек, которого в быту называли Митей или Митником (с суффиксом -ник, обозначающим лицо по характерному признаку или занятию). В таком случае Митниковский — «потомок Митника» или «происходящий от семьи Митниковых». Суффикс -ов- в середине фамилии (Митников-ский) указывает на то, что первоначально существовала фамилия Митников, а уже от неё, возможно, путём переоформления или при переезде в другую местность, возникла форма на -ский.

Есть и другая, менее вероятная, версия: корень мог быть связан с профессией или прозвищем. В некоторых говорах «митник» могло означать человека, занимающегося обменом или меной (от «мина»), но это предположение не находит надёжного подтверждения в ономастических источниках. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в западных и центральных регионах России, что косвенно подтверждает её искусственное или позднее происхождение — например, в среде духовенства или при переименовании крестьян после отмены крепостного права.

Таким образом, Митниковский — это фамилия, которая скорее всего ведёт род от человека по имени Митя (Дмитрий), чьё потомство сначала называли Митниковыми, а затем, по какой-то причине (например, при получении образования или смене места жительства), добавили дворянский или семинарский суффикс -ский.