Фамилия Митников строится по самой распространённой русской модели: основа плюс суффикс -ов (в родительном падеже — -ов, отсюда и форма фамилии). Но если в большинстве случаев суффикс присоединяли к имени или прозвищу, оканчивающемуся на согласный, то здесь основа — Митник, и это не имя, а скорее прозвище или обозначение профессии.

Корень здесь — «мит-», который восходит к слову «мит» (или «мить»). В старых русских говорах «мить» означало «миг, мгновение», а «митный» — «скорый, проворный». Человек, которого прозвали Митником, мог получить такое прозвище за быстроту, расторопность или, напротив, за суетливость. Однако есть и другая, более конкретная версия: в некоторых регионах «митником» называли торговца мелочным товаром, разносчика — от слова «мит» в значении «мелочь, разменная монета». В этом случае фамилия указывает на род занятий предка.

Суффикс -ник в основе Митник типичен для обозначения лица по действию или предмету (ср. плотник, охотник, шутник). Это не патронимический суффикс, как -ович, а словообразовательный, то есть прозвище образовали от нарицательного существительного, а уж затем от него — фамилию. Такая модель встречается реже, чем фамилии от крестильных имён, и часто указывает на социальный слой: вольные крестьяне, ремесленники, посадские люди.

Географически фамилия Митников тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также встречается на Урале. В этих краях слово «митник» в значении «торговец вразнос» было в ходу ещё в XIX веке. В южных и западных губерниях фамилия почти не фиксируется, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.

Есть и редкая, но не лишённая оснований гипотеза: Митников может быть вариантом фамилии Митрофанов, образованным через усечение основы и суффикс -ник. В народной речи имя Митрофан нередко сокращали до Мит, а от него могли произвести прозвище Митник — «сын, потомок Мита». Однако эта версия менее вероятна, потому что для патронимов от сокращённых имён типичен суффикс -ин (Митин, Миткин), а -ник для этой роли нехарактерен. Поэтому профессиональное или прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия не относится к числу дворянских и не встречается в родословных книгах знати. Её носители — потомки крестьян, ремесленников или мелких торговцев, что, впрочем, не делает её менее интересной: за ней стоит живая история человека, которого в своём селе знали по делу или по характеру.