Фамилия Мытников образована от прозвища или профессии, а точнее — от слова «мытник». В Древней Руси «мытом» называли пошлину за провоз товаров, а «мытником» — сборщика этой пошлины, таможенника. Человек, носивший такое прозвище, либо служил на заставе, либо жил рядом с мытной избой, где взимали плату. Фамилия относится к распространённому типу на -ов, который в русском языке чаще всего указывает на принадлежность: «сын Мытника».

Интересно, что корень «мыт» не связан с современным словом «мыть» (вода, чистота). Это древнерусский экономический термин, родственный глаголу «мыти» в значении «брать плату, облагать пошлиной». В некоторых говорах «мытник» могло означать и место сбора пошлин, но для фамилии основным остаётся значение «сборщик податей».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где мытные заставы были особенно распространены в XV–XVII веках. Встречается и в украинских вариантах — Мытник, Мытниченко, но русская форма с суффиксом -ов указывает на более раннюю фиксацию в документах.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с глаголом «мыкаться» (скитаться) или с диалектным «мыт» (туман), но лингвисты отдают предпочтение профессиональной основе — она подтверждается и историческими записями о мытниках, и словообразовательной моделью. Фамилия Мытников — одна из тех, что прямо указывает на занятие предка, причём занятие не крестьянское, а связанное с государственной службой или торговлей.