Оно ведет свое начало от нарицательного «мытник» со значением «сборщик мыта, пошлины за проезд, за провоз товара и т.п.». Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Мытник лежит мирское имя Мытник, восходящее к названию многолетнего травянистого растения с прямым стеблем и мелкими изрезанными листьями – мытник.