Фамилия Митницкая — женская форма фамилии Митницкий, и ее происхождение стоит искать в слове «митница». Это не опечатка и не диалектный вариант: в древнерусском языке слово «мыто» (пошлина, сбор) дало «мытница» — место сбора торговых пошлин. В ряде говоров, особенно на западе и юге России, «мыто» произносили как «мито», отсюда и «митница». Так называли таможню или заставу, где купцы платили за провоз товара.

Следовательно, Митницкий — это человек, имевший отношение к такой «митнице». Чаще всего так могли прозвать либо самого сборщика пошлин (мытника), либо его сына или работника. В некоторых регионах «митницей» называли и саму пошлину, поэтому прозвище могло закрепиться за тем, кто был обязан ее платить, или, наоборот, кто умел обходить — но это уже версии менее вероятные.

Фамилия образована по типичной модели с суффиксом -ск-, который в восточнославянской ономастике указывает на принадлежность к месту или роду занятий. Такие фамилии часто носили дворяне и духовенство, но в случае с Митницкими скорее всего речь о людях служилых или посадских, живших при мытных дворах. Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям — современной Беларуси, Смоленщине, а также к Украине, где «митниця» — общеупотребительное слово для таможни.

Встречаются и редкие варианты написания через «ы» — Мытницкая, что прямо указывает на исходный корень. Но именно форма с «и» сохранила старую фонетическую черту, которая в литературном языке была вытеснена. Так что носительница фамилии Митницкая может считать, что в ее родовом имени законсервировался живой говор предков, работавших на границах торговых путей.