Фамилия Мижалковская — женская форма от Мижалковский, и её разбор стоит начать с географии. Фамилия явно польского или западнорусского происхождения: суффикс -овский/-евский (в польском варианте -owski) указывает на шляхетское или мещанское происхождение, а также на связь с географическим названием. Основа «Мижалк-» скорее всего восходит к топониму Мижалки (Michałki) — такие названия встречаются в Польше и Беларуси. Если это так, то фамилия означает «выходец из Мижалок» или «принадлежащий к Мижалкам». В польской ономастике фамилии на -owski часто давались по названию имения или деревни, где жил род.

Менее вероятна, но возможна версия, что основа связана с личным именем Михал (польское Michał, русское Михаил). Тогда Мижалковский — это «сын или потомок Михала», а суффикс -овский выполняет уже не топонимическую, а патронимическую роль. В пользу этой версии говорит то, что в польском языке имя Michał могло давать варианты вроде Michałek, а с добавлением -owski получалась фамилия. Однако прямое соответствие «Мижалк» имени Михал неочевидно — скорее всего, это народная переделка топонима.

В русском контексте фамилия Мижалковская — редкая. Поскольку суффикс -ский/-цкий в русской традиции был характерен для дворянских и духовных фамилий, носительницы могли происходить из обедневшей шляхты или из среды, где фамилию давали по месту службы или учёбы. Встречаемость фамилии в современных российских базах данных крайне низкая, что подтверждает её локальный, возможно, пограничный характер (западные области России, Беларусь, Украина). Ударение, судя по типичной модели, падает на второй слог: Мижа́лковская.

Особенность написания — начальное «Миж-» вместо более ожидаемого «Мих-» (от Михал). Это может быть следствием диалектного произношения (чередование х/ж) или же результатом адаптации польского написания (Michałkowski) при переходе в русскую кириллицу. В любом случае, фамилия сохранила редкую фонетическую черту, которая выделяет её среди однокоренных.