Фамилия Мизюнова — женская форма, а её мужской вариант Мизюнов. С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть «сын Мизюна» или «из семьи Мизюна». Основа здесь — прозвище Мизюн, которое и нужно разобрать.

Корень «миз-» в русских говорах имеет несколько значений, и все они ведут в народную лексику. В диалектах «мизюн» или «мизун» — это плакса, нюня, капризный человек. Слово образовано от глагола «мизюкать» (плакать, хныкать) или «мизюрить» (говорить невнятно, сквозь слёзы). Таким образом, прозвище Мизюн мог получить капризный ребёнок или взрослый с обидчивым характером. В некоторых говорах «мизюн» означало также «слепой» или «подслеповатый» — от «мизюрить» (щуриться, плохо видеть). Вторая версия менее распространена, но тоже имеет право на существование.

Есть и более редкая гипотеза: связь с диалектным «мизгирь» — паук. Однако она слабая, так как переход «мизгирь» в «мизюн» не подтверждается типичными фонетическими изменениями в русском языке. Правдоподобнее всего версия с плаксой — она встречается в словаре русских фамилий и подтверждается живыми говорами.

Интересно, что фамилия Мизюнов встречается преимущественно в центральных и южнорусских областях, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях. Это указывает на её происхождение из среды крестьян или мещан, где прозвища часто давались по поведению или внешности. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что основа Мизюн — это прозвище на согласный, а не на -а, что типично для русской ономастики.

В XIX веке носители фамилии Мизюновы фиксируются в метрических книгах как государственные крестьяне и однодворцы. Сословная привязка невысокая — это не дворянская фамилия, а народная, образованная от бытового, даже ироничного прозвища. Сегодня она редкая, но сохранилась в тех же регионах, а также встречается среди потомков переселенцев в Сибири.