Фамилия Мкаотчян — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение сразу выдаёт носителя армянских корней. Типичный армянский фамильный суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает принадлежность к роду. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Мкаотч (Мкаотч). Для русского уха это звучит непривычно, но в армянской среде такие формы встречаются.

Скорее всего, Мкаотч — это сложное слово, образованное от двух основ: «Мка» (сокращение от имени Мкртич или Мкртум, что значит «креститель») и «отч» (армянское «отч» — «огонь»). Таким образом, Мкаотч могло означать «огненный Мкртич» — прозвище человека с горячим, вспыльчивым нравом или, возможно, кузнеца, работавшего с огнём. В армянской традиции прозвища часто описывали характер или профессию, а затем закреплялись за родом.

Географически фамилия Мкаотчян тяготеет к исторической Западной Армении (территория современной Турции) и к районам, где жили армяне-ремесленники. После геноцида 1915 года многие носители фамилии оказались в диаспоре — в России, Сирии, Ливане, Франции. В самой Армении фамилия встречается нечасто, что подтверждает её западноармянское происхождение.

В русском языке фамилия сохранила армянское окончание без адаптации (в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые получали армяне, переходившие на русскую службу). Это говорит о том, что предки носителя не меняли фамилию при переезде в Россию, а значит, переселение произошло относительно поздно — в конце XIX или начале XX века.

Если искать аналоги, то в Армении есть фамилии с похожей структурой: Мкртчян, Мкарян, Отчян. Но Мкаотчян стоит особняком — её двойная основа и редкое сочетание звуков делают фамилию практически уникальной.