Фамилия Мхояр — редкая, и её происхождение уходит корнями в специфическую географическую и этническую среду. В отличие от большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусскую основу. Скорее всего, это фамилия армянского происхождения, записанная в русской транскрипции.

Разбираем словообразовательную модель. Основа «Мхо» — это краткая форма армянского имени Мхитар (Мхитар), что значит «утешитель». В армянском языке распространена модель образования фамилий через суффикс -ян/-янц, обозначающий принадлежность: «сын такого-то». Окончание «-яр» в русском написании — это искажённое или адаптированное окончание «-ян». В ряде регионов (особенно в Нагорном Карабахе и Зангезуре) армянские фамилии действительно могли оканчиваться на -яр, что является диалектным вариантом суффикса -ян. Таким образом, Мхояр — это «сын Мхитара», то есть потомок человека по имени Мхитар.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В тюркских языках «мхо» может быть связано со словом «мох» или «болото», а суффикс «-яр» (от персидского «яр» — друг, товарищ) мог указывать на прозвище «друг мха» или «живущий у болота». Однако эта версия слабее, так как в тюркской ономастике фамилии с таким корнем практически не встречаются, а армянская модель гораздо естественнее объясняет и звучание, и структуру.

Географически фамилия Мхояр почти наверняка привязана к Закавказью, в частности к зоне исторического расселения армян. В России она могла появиться в результате миграций XIX–XX веков, оставшись в неизменном виде из-за своей необычной для русского уха формы. Носители фамилии — потомки армян, чей предок носил имя Мхитар, а сама фамилия — редкий пример сохранения диалектного окончания, не стёртого стандартным суффиксом -ян.