Фамилия Млогунова — женская форма фамилии Млогунов. Она встречается редко, и её разговорное звучание часто кажется необычным, однако происхождение у неё вполне прозрачное, хотя и неочевидное на первый взгляд. В основе лежит прозвище или мирское имя Млогун, которое образовано от глагола «млогать» или «млоготать» — в некоторых северных и сибирских говорах это означало «молоть вздор», «болтать без умолку», «говорить невнятно» или «бормотать». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, был говорливым, суетливым в речах или, наоборот, неразборчиво бормочущим. Таким образом, фамилия относится к группе «говорящих» прозвищ, которые закреплялись за людьми по особенности речи.

Суффикс -ов- в фамилии Млогунов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Млогун — сын Млогуна. Это значит, что родоначальника звали просто Млогун, а его потомки стали Млогуновыми. Форма на -ова, соответственно, принадлежит женщине из этого рода. Фамилия не имеет связи с церковными именами или географическими названиями — она целиком бытовая, деревенская, что типично для прозвищных фамилий, возникших в крестьянской среде.

В исторических документах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании. Можно предположить, что она возникла на Русском Севере или в Вятском крае, где диалектная лексика с корнем «млог-» была наиболее распространена. В современных справочниках по ономастике Млогуновы не упоминаются среди известных родов, поэтому восстановить точную географию расселения сложно — это редкая фамилия, не попавшая в массовые списки.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мологунов, Молога, Молоков) показывает, что Млогунов стоит особняком: утрата гласной в корне (млог- вместо молог-) могла произойти из-за редукции в быстрой речи или под влиянием местного произношения. В любом случае, фамилия Млогунов — не искажение и не ошибка, а живое свидетельство диалектного слова, которое почти исчезло из языка, но сохранилось в фамилии.