Фамилия Млынковская — женская форма фамилии Млынковский. В её основе лежит польское или украинское слово «млын» (młyn), что значит «мельница». Носитель такой фамилии — потомок человека, который либо жил при мельнице, либо работал на ней, либо владел ею. Это прозвище или фамильное именование по месту жительства или роду занятий, типичное для западнославянского и западноукраинского ареала.

Суффикс -ский (в женском роде -ская) указывает на дворянское или шляхетское происхождение в Речи Посполитой, но в XIX веке такие фамилии массово получали и крестьяне при переходе на постоянные фамилии в западных губерниях Российской империи. Поэтому Млынковские могли быть как обедневшей шляхтой, так и крестьянами, чей предок был мельником. Сама модель образования — от названия объекта (млын) через притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- (Млынков) и далее с топонимическим -ский — говорит о том, что сначала возникло название хутора или деревни Млынково, а уже от него — фамилия.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали «чей сын» (Млынков — сын Млынка), форма на -ский привязывает человека к местности. То есть Млынковский — это буквально «тот, кто из Млынкова». Таких селений с корнем «млын» много на территории современной Польши, Беларуси и Западной Украины (например, Млынки, Млынов, Млынков). Фамилия могла закрепиться за человеком, который переехал из такого села в другое место.

В русском языке фамилия звучит как типичная польская или украинская, что нередко приводило к вариантам написания: через «ы» (Млынковская) или через «и» (Млинковская), в зависимости от местной диалектной нормы. Встречается она преимущественно в западных областях Украины, а также в Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.