Фамилия Млынковский — яркий пример того, как польская и украинская языковые традиции повлияли на русский ономастикон. Её основа — слово «млын», что в переводе с польского и украинского означает «мельница». В отличие от великорусских фамилий, образованных от того же корня (Мельников, Мельниченко), здесь мы видим характерный для западнорусских и польских земель суффикс -овск-/-евск-, который указывает на дворянское или шляхетское происхождение, хотя впоследствии такие фамилии закрепились и за крестьянами.

Разберём словообразовательную модель. К корню «млын» добавился суффикс -к- (образующий прилагательное принадлежности: «млынков» — мельничий) и типичный польский суффикс -овский. Изначально Млынковский — это прозвище или фамилия по месту жительства: «тот, кто с мельницы» или «владелец мельницы». На украинских землях Речи Посполитой так называли человека, жившего при мельнице (млыне) или владевшего ею. Встречаются и топонимические параллели — в Польше есть несколько населённых пунктов с названием Млынкув (Młynków), от которых жители получали фамилию Млынковский.

Географически фамилия распространена в основном на территории современной Западной Украины (Волынь, Подолье, Галичина) и в юго-западных областях Беларуси. В России она редка и чаще всего встречается у потомков переселенцев из этих регионов. Интересно, что в польском языке фамилия пишется как Młynkowski — с носовой гласной «ę», которая в русской передаче исчезла, дав «е». Это типичный пример адаптации польской орфографии к кириллице.

К какому сословию относились первые носители? Среди шляхты Речи Посполитой фамилии на -ский были маркером благородного происхождения, но в XVII–XVIII веках эту модель переняли и крестьяне, и мещане. Поэтому Млынковский мог быть как мелким землевладельцем, владевшим водяной мельницей, так и простым мельником-арендатором. Второй вариант даже вероятнее: мельница в те времена была доходным, но хлопотным промыслом, и её владелец часто выделялся среди соседей достатком, что и закреплялось в фамилии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Млынковский стоит в одном ряду с украинскими Млынчук, Млынарь и польскими Młynarczyk, Młynarski. Но именно суффикс -овский выводит фамилию из чисто профессионального разряда в категорию «дворянских» или «шляхетских» по форме, хотя по сути она остаётся ремесленной. Это характерная черта многих польско-украинских фамилий, где форма не всегда совпадает с реальным социальным статусом предка.