Фамилия Мнацаконян — характерный пример армянского родового имени, образованного по модели, которая почти не встречается у других народов. Её основа — личное имя Мнацакон (Мнацакан). В армянском языке «мнац» связано с понятием «оставаться», «пребывать», а суффикс -акан придаёт значение принадлежности или качества. Таким образом, имя Мнацакан можно перевести как «оставшийся», «уцелевший» или «постоянный». В разговорной и письменной традиции имя могло даваться ребёнку, который выжил после тяжёлой болезни, или младшему сыну, который оставался жить с родителями, наследуя дом.

Ключевой элемент фамилии — суффикс -ян (в старой орфографии -янц). Это патронимический показатель, который означает «из рода» или «потомок». В дословном переводе Мнацаконян — «из рода Мнацакана». В русской передаче фамилия сохранила ударение на последнем слоге, хотя в оригинале оно может падать на второй слог: Мнацака́н. Вариант написания с «о» вместо «а» во втором слоге (Мнацакон) — результат адаптации через русскую графику, где безударная «а» часто передаётся как «о» по произношению.

С географической точки зрения фамилия распространена в основном среди армян, чьи предки происходят из исторической Западной Армении (территории современной восточной Турции) и Нагорного Карабаха. В Российской империи носители фамилии фиксировались в Тифлисской и Елизаветпольской губерниях, а также в армянских колониях Ростова-на-Дону и Астрахани. После геноцида армян 1915 года многие Мнацаконяны оказались в диаспоре — в Сирии, Ливане, Франции и США.

В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел (например, Дарбинян — «кузнец») или географических названий, Мнацаконян — чисто именная фамилия. Она не указывает на сословие или профессию предка, а лишь называет его по имени. В армянской ономастике такие фамилии составляют один из древнейших пластов: они фиксируют личное имя, которое могло быть как каноническим (церковным), так и мирским прозвищем. Поскольку имя Мнацакан не входит в число самых частых, фамилия остаётся относительно редкой, но устойчивой — её носители, как правило, хорошо помнят родовую историю, передаваемую устно.