Фамилия Мочерни — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «мочерн-» — не встречается в современных русских нарицательных словах, поэтому разбирать её стоит через диалектную лексику и словообразовательные модели западнорусских и украинских фамилий.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Мочерный. В юго-западных говорах (украинских, белорусских, а также в смоленских и брянских) слово «моче́рний» могло означать «мокрый, влажный, сырой». Прозвище давали человеку, который жил у болота, на сырой низине, или тому, кто постоянно ходил мокрым — рыбаку, работнику на воде. В этом случае фамилия Мочерни — это форма множественного числа или родительного падежа: «из семьи Мочерных», что характерно для фамилий на -их/-ых (ср. Черных, Сухих). Со временем окончание могло редуцироваться до -и, что дало Мочерни.

Другая версия связывает основу с диалектным «моче́р» — так в некоторых регионах называли болото, топь, мочажину. Тогда Мочерни — это указание на место жительства: «с Мочерни», то есть с болота, из мокрого места. Такие фамилии часто закреплялись за переселенцами, которых записывали по прежнему месту жительства.

Встречается фамилия преимущественно на западе России, в Беларуси и на Украине. В польском языке есть схожие по звучанию фамилии (Moczar, Moczerny), что подтверждает связь с балто-славянским корнем со значением «мокрый, влажный». В русских документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется — это указывает на её позднее оформление и локальный характер.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: суффикс -ни в русской модели редок и чаще встречается в украинских и польских фамилиях (Мочерний, Мочерна). Русская адаптация могла дать форму Мочернов или Мочернин, но вариант Мочерни сохранил исходное окончание, что говорит о поздней фиксации фамилии в письменных источниках без русификации.