Фамилия Моесеенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным маркером «сыновства» в казацкой среде. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу-крестьянину или боярину, суффикс -енко в Поднепровье означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Моесеенко — это «сын Моисея».

Сам корень восходит к библейскому имени Моисей (в просторечии — Мойсей или Мосей). В украинской народной традиции имя часто укорачивали до Мойсе́й, а в разговорной речи — до Мо́йся или Мо́ся. Отсюда и форма Моесеенко: основа «Моес-» — это вариант имени Мойсей с утратой йотации (звука «й») и вставкой гласного «е» для благозвучия. Подобное явление встречается в фамилиях Мойсеенко, Мосеенко, Мосейчук — все они однокоренные, но написание «Моесеенко» фиксирует именно местный говор, где «ой» перешло в «ое».

Географически фамилия тяготеет к восточной Украине и югу России, особенно к бывшим землям Войска Запорожского. В переписях XIX века носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: суффикс -енко в Российской империи устойчиво ассоциировался с простонародьем, и лишь единицы смогли получить личное дворянство через выслугу лет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Моесеенко — самая редкая форма. Мойсеенко встречается в десятки раз чаще, а Мосеенко — ещё реже, но тоже не редкость. Такое написание с двойным «е» могло возникнуть из-за ошибки писаря при записи в метрическую книгу или из-за диалектного произношения: в некоторых говорах Черниговщины и Полтавщины гласные растягивали, и «Мойсей» звучало как «Моейсей» — отсюда и «Моесеенко».

Таким образом, фамилия Моесеенко — не про профессию или прозвище, а про родство: предок нынешнего носителя был сыном человека по имени Мойсей (Моисей). В быту это имя нередко давали ребёнку в честь святого или деда, так что фамилия не указывает на еврейское происхождение — это обычная восточнославянская христианская антропонимия.