Фамилия Моэтор — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом не даёт очевидной подсказки о происхождении. На слух она воспринимается как иноязычная, и это первое, что бросается в глаза: сочетание «э» после гласной и конечное «-тор» нетипично для исконно русских фамилий. В русской ономастике суффикс «-тор» почти не встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён; он характерен для книжных, заимствованных основ, часто латинского или греческого происхождения.

Скорее всего, перед нами одна из «кабинетных» фамилий, возникших в духовной среде. В семинариях и академиях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии, искусственно образованные от латинских или греческих слов. «Моэтор» может быть переделкой латинского motor — «двигатель», «приводящий в движение». В этом случае фамилия символическая, означающая «движущий», «побудитель», что хорошо ложилось в христианскую традицию: Бог или Святой Дух как перводвигатель. Звук «э» вместо ожидаемого «е» в первом слоге — возможная особенность произношения в конкретной семинарии или влияние местного диалекта.

Есть и более прозаичная версия, связанная с искажением фамилии при записи. Если исходная фамилия была, например, Моторин (от «мотор» — в значении «быстрый, непоседливый человек»), то при переписи или в канцелярской ошибке конечное «-ин» могли заменить на «-тор» по аналогии с другими фамилиями на «-тор» (типа Реформаторский, Инспекторов). Однако эта гипотеза слабее: фамилия Моторин сама по себе распространена, а Моэтор встречается настолько редко, что случайная описка маловероятна.

Географически носители фамилии Моэтор почти не фиксируются в современных базах данных — это штучная фамилия, возможно, вымершая или сохранившаяся в единичных семьях. Если искать её следы, то стоит обратить внимание на регионы, где были духовные училища с классическим образованием: центральные губернии России, Поволжье. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что подтверждает её искусственное, «книжное» происхождение — такие фамилии редко выходили за пределы узкого сословия.

Таким образом, наиболее вероятно, что фамилия Моэтор — это семинарское переосмысление латинского motor, данное предку-священнику как знак его роли в церковной общине.