Фамилия Могжанов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или профессией, а с этническим или географическим признаком. Корень «могжан» напрямую восходит к слову «могжан» — так в русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, называли представителя народа манси (вогулов). В старых документах манси нередко именовали «могжанами» или «могжаками», и это слово было скорее нейтральным этнонимом, чем прозвищем-дразнилкой.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Могжан» добавили патронимический суффикс -ов, который означает «сын Могжана» или «потомок того, кого звали Могжан». То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был русским по языку и культуре, но получил уличное прозвище по соседству или родству с манси — возможно, жил в одном селе, торговал с ними или сам имел смешанное происхождение. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывают на дворянское или географическое происхождение, Могжанов — типичная крестьянская или посадская фамилия, закреплённая за одним родом.

Географически фамилия тяготеет к Уралу и Западной Сибири — тем местам, где исторически проходили границы расселения манси и коми-зырян. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный характер: скорее всего, родоначальник жил в небольшом районе, где этнические контакты были обычным делом. Других версий происхождения, например от тюркского имени или арабского корня, выдвигать не приходится — они не подтверждаются ни фонетикой, ни историей бытования фамилии.

Словообразовательная модель простая и прозрачная: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Могжа́нов, хотя в устной речи возможны варианты. Фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин, что тоже говорит о её относительно позднем оформлении (XVI–XVII века), когда суффикс -ов уже стал доминирующим для прозвищ на согласный.