Фамилия Мохнацки — редкий для России пример фамилии с польским суффиксом, сохранившей исходное звучание. В польской ономастике суффикс -цки (в русской передаче обычно пишется как -цкий) — уменьшительная или более экспрессивная форма от стандартного -ский. Фамилия Мохнацки образована от прозвища или имени Мохнац, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «мохнатый» — косматый, лохматый, с густыми волосами или шерстью. В славянской традиции такие прозвища давали человеку с нечёсаными, густыми волосами, либо тому, кто носил одежду из меха или грубой шерсти ворсом наружу.

Поскольку фамилия оканчивается на -цки, а не на -ский, её носитель, скорее всего, происходил из мелкой шляхты или крестьянства западных земель Речи Посполитой (современные Польша, Беларусь, Украина). Суффикс -цки мог указывать на принадлежность к конкретному месту или роду, но в данном случае основа — чисто описательная, а не топонимическая. Если бы фамилия была Мохнацкий, она бы звучала как типичная дворянская, но форма на -цки выдает более простое происхождение: так часто писали фамилии в документах XIX века, когда польские окончания адаптировали в русской канцелярии.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если её носитель — мужчина, и остаётся неизменной для женщин. В польском оригинале она склонялась бы как типичное прилагательное: Мохнацки, Мохнацкего, Мохнацкем. Встречается также вариант написания Мохнацкий — это результат русификации, когда польскую форму подгоняли под привычную модель. Однако исходная запись Мохнацки точнее передаёт звучание и историю: перед нами не «сын Мохнацкого», а сам Мохнац — человек, которого прозвали за лохматую внешность или за профессию, связанную с мехом и шерстью.